Con el objetivo de realizar el Plan Rector en Materia de Agua para la Protección, Conservación y Recuperación Ambiental de la Península de Yucatán, en el 2010 el IMTA firmó un Convenio de Colaboración con el Consejo de Cuenca Península de Yucatán y la Fundación Gonzalo Río Arronte (FGRA) para efectuar un diagnóstico ambiental; identificar retos y problemas prioritarios; proponer líneas, objetivos y acciones estratégicas, así como un conjunto jerarquizado y consensuado de proyectos específicos para el periodo 2011-2020.
En 2013 se iniciaron las acciones emanadas del Plan, en su primera etapa. Entre las actividades principales se encuentran: seguimiento a las acciones ejecutadas por las distintas instancias locales, municipales, estatales, federales y de la sociedad civil organizada; la supervisión de los proyectos de la península financiados por la FGRA en lo referente a la trasferencia de tecnologías apropiadas en los ámbitos vivienda y comunitario; revisión del Plan para su actualización; vinculación con programas y acciones interinstitucionales locales y regionales, y difusión de resultados del programa mediante acciones de comunicación.
Como resultados, figuran el comienzo de las tareas de coordinación con el Organismo de Cuenca Península de Yucatán y el Consejo de Cuenca de la Península de Yucatán (CCPY) para realizar, de manera conjunta, las actividades con los usuarios de aguas nacionales, sociedad organizada, academia, investigación y gobierno.
Derivado del Plan Rector, se cuenta con un Plan Estratégico consensuado para la recuperación ambiental de la península de Yucatán que considera el agua como elemento central. Con la aprobación del proyecto Programa para la Recuperación Ambiental de la Península de Yucatán, primera etapa 2013-2106, se iniciaron las acciones emanadas del Plan Rector, en su primera etapa.
De igual forma, se supervisa que la transferencia de tecnologías apropiadas en materia de agua en los tres estados de la península que ejecutan organizaciones civiles en zonas rurales marginadas, cumplan con la metodología de transferencia propuesta por el IMTA, así como con las especificaciones técnicas requeridas.
Asimismo, se llevó a cabo un taller con la participación de representantes de los tres niveles de gobierno y la sociedad civil organizada, teniendo como logros: la modificación de las hojas metodológicas; la eliminación de un indicador, quedando 14 de los 15 establecidos en 2011; establecimiento de metas a corto, mediano y largo plazos, y se asignó a los responsables para la obtención de la línea base, seguimiento, generación y actualización la base de datos de los indicadores.